В двух шкафах - личная библиотека А.М.Бутлерова. Это ценное пожертвование сделано вдовой покойного Н.М.Бутлеровой в 1890 году органической лаборатории Казанского университета, где Александр Михайлович начинал свою деятельность. Стоимость библиотеки в то время оценивалась в три тысячи рублей, а стоимость всего имущества лаборатории 12900 рублей.

Библиотека состоит из 364 названий в 644 переплётах. В основном это химическая литература: монографии, книги известных европейских и российских учёных с авторскими надписями, публичные лекции Бутлерова и лекции Зинина и Бутлерова, изданные литографическим способом. Здесь обе диссертации Марковникова и Вагнера с их автографами.

Библиотека неоднократно привлекала внимание известных историков химии - А.С.Ключевича, Н.П.Гречкина, Г.В.Быкова. Последний в книге немецкого учёного - А.W.Hofmann. "International exhibition, 1862. Reports by the Juries. Chemical product and processes", London, 1863, присланной Бутлерову, обнаружил в 1970 году черновик неопубликованного письма Бутлерова Гофману 1864 года. В письме Бутлеров благодарит Гофмана за присланный отчет и сообщает ему впервые о синтезе триметилкарбинола.

В третьем шкафу кабинета хранятся труды Клауса по элементам платиновой группы, книги Флавицкого, его учебники по химии, диссертации, оттиски научных статей. Здесь же научные работы учеников Ф.М.Флавицкого, которые впоследствии возглавили кафедры химии: А.Я.Богородский, А.М.Васильев, А.Ф.Герасимов - в Казанском университете, Д.К.Добросердов - в Киевском Политехническом институте. Среди профессоров-химиков Казанского университета самое большое число учеников - семьдесят два - было у А.М.Зайцева. В музее представлены их многочисленные научные труды с дарственными надписями учителю.